因應新型冠狀病毒來襲「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」已經在109年2月25日公布，為保障第一線教育人員生命與身體安全，以及職場衛生的促進，全教總發函教育部主張：
一、教育人員如果因接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫，或是為了照顧生活不能自理的受隔離或檢疫的家庭成員，應由學校予以公假派代，並核支代理課（職）務衍生費用。
二、教師如為配合學校防疫工作，於正常工作時間外，經奉派在校進行檢疫站設置、環境消毒與學生量測體溫等庶務的協助時，學校應比照各校導護輪值，應允教師覈實請領加班費或補休。
教育部於109年3月24日以臺教授國字第1090023824號函回復本會略以「至所詢教育人員為配合學校防疫工作，於正常工作時間外，經奉派在校進行檢疫站設置、環境消毒與學生量測體溫等庶務工作時，由學校依據實際防疫需求給予教職人員加班，其所需加班費釋學校狀況予以核支，不足部分核給加班人員補休。
教育部再於109年5月5日以臺教國署人字第1090048789號函知各校略以「為因應疫情期間各校教職人員配合學校防疫工作，在上、下學或中午時間，經奉派在校進行檢疫站設置、環境消毒與學生量測體溫等庶務工作，其增加工作時數部分，由學校依據實際防疫需求給予教職人員加班時數，其所需加班費視學校經費狀況予以核支，不足部分核給加班人員補休，並依前述規定於1年內請畢，倘因辦理防疫工作確有再延長之需求，得專案簽請機關首長放寬補休期限，以維護上開人員之權益。」